Al segle XVI es van renovar i reconstruir bona parts dels edificis de la vila, es van refer les esglésies del terme i es construí la casa de la vila .

Durant el segle XVII alguns barons arribaren a armar quadrilles de bandolers que amenaçaven el comerç i les viles de senyoriu reial.

Els Prats de Rei va patir els atacs del famós bandoler Perot Rocaguinarda .